Los arqueólogos abren de una o dos calas (área) de excavación en el subsuelo, en las cuales se registraron diferentes restos arqueológicos (cerámica, huesos, elementos constructivos, artefactos, etc.), lo que les permitió definir la temporalidad de cada una de las etapas de ocupación del espacio que alberga al actual edificio del museo. Dichos vestigios representan una ocupación del espacio del siglo XVI al XIX.
